Молекулярный докинг

 Молекулярный докинг – один из важнейших (ключевых) методов используемых при разработке лекарств и исследовании комплексообразования in silico. Данный метод используется в первую очередь для определения наилучшего пространственного взаиморасположения исследуемых молекул. В основном докинг используется для поиска мест связывания и оптимального расположения небольших молекул на поверхности интересующих белков. Но также возможно и исследование взаимодействий между белками и другими макромолекулами: белок-белок, белок-ДНК или белок-РНК.

 Принцип работы большинства программ молекулярного докинга можно разбить на следующие этапы:

 1. Для молекулы- мишени (ее называют рецептором) рассчитывается поверхность

 2. На данной поверхности ищется место возможной посадки интересующей молекулы (ее назвают лигандом) и рассчитывается ее возможная конфигурация.

 3. Для найденного комплекса оценивается “качество” взаимодействия

 4. Происходит изменение места посадки и конфигурации лиганда, после чего 2-3 пункты повторяются множество раз.

 При оценке “качества взаимодействия” учитывается влияние факторов различных типов взаимодействия:

–  Электростатические

–  Ван- дер- Ваальсовые

–  Стерические

–  Гидрофильные/гидрофобные

–  и др.

 В результате молекулярного докинга получают несколько возможных структур комплекса со своим значением оценочной функции, описывающей “качество” найденного взаиморасположения. Данные значения оценочных функций пропорциональны энергии связывания между рецептором и лигандом.