Молекулярный докинг – один из важнейших (ключевых) методов используемых при разработке лекарств и исследовании комплексообразования in silico. Данный метод используется в первую очередь для определения наилучшего пространственного взаиморасположения исследуемых молекул. В основном докинг используется для поиска мест связывания и оптимального расположения небольших молекул на поверхности интересующих белков. Но также возможно и исследование взаимодействий между белками и другими макромолекулами: белок-белок, белок-ДНК или белок-РНК.
Принцип работы большинства программ молекулярного докинга можно разбить на следующие этапы:
1. Для молекулы- мишени (ее называют рецептором) рассчитывается поверхность
2. На данной поверхности ищется место возможной посадки интересующей молекулы (ее назвают лигандом) и рассчитывается ее возможная конфигурация.
3. Для найденного комплекса оценивается “качество” взаимодействия
4. Происходит изменение места посадки и конфигурации лиганда, после чего 2-3 пункты повторяются множество раз.
При оценке “качества взаимодействия” учитывается влияние факторов различных типов взаимодействия:
– Электростатические
– Ван- дер- Ваальсовые
– Стерические
– Гидрофильные/гидрофобные
– и др.
В результате молекулярного докинга получают несколько возможных структур комплекса со своим значением оценочной функции, описывающей “качество” найденного взаиморасположения. Данные значения оценочных функций пропорциональны энергии связывания между рецептором и лигандом.
ООО “АйтиБиотек”
Научный парк МГУ
Ленинские горы, вл. 1, стр. 75Г, Москва, 119992
© ITBiotech ltd. 2013